三焦的生理功能，通行元气：元气（又名原气）是人体最根本的气，根源于肾，由先天之精所化，赖后天之精以养，为人体脏腑阴阳之本，生命活动的原动力。元气通过三焦而输布到五脏六腑，充沛于全身，以激发、推动各个脏腑组织的功能活动。所以说，三焦是元气运行的通道。气化运动是生命的基本特征。三焦能够通行元气，元气为脏腑气化活动的动力。因此，三焦通行元气的功能，关系到整个人体的气化作用。故曰：“三焦者，人之三元之气也，……总领五脏六腑营卫经络，内外上下左右之气也。三焦通，则内外上下皆通也。其于周身灌体，和调内外，营左养右，导上宣下，莫大于此者也”（《中藏经》）。
疏通水道：“三焦者，决渎之官，水道出焉”（《素问·灵兰秘典论》）。三焦能“通调水道”（《医学三字经》），调控体内整个水液代谢过程，在水液代谢过程中起着重要作用。人体水液代谢是由多个脏腑参与，共同完成的一个复杂生理过程。其中，上焦之肺，为水之上源，以宣发肃降而通调水道；中焦之脾胃，运化并输布津液于肺；下焦之肾、膀胱，蒸腾气化，使水液上归于脾肺，再参与体内代谢，下形成尿液排出体外。三焦为水液的生成敷布、升降出入的道路。三焦气治，则脉络通而水道利。三焦在水液代谢过程中的协调平衡作用，称之为“三焦气化”。三焦通行水液的功能，实际上是对肺、脾、肾等脏腑参与水液代谢功能的总括。
运行水谷：“三焦者，水谷之道”（《难经·三十一难》）。三焦具有运行水谷，协助输布精微，排泄废物的作用。其中，“上焦开发，宣五谷味，熏肤，充肌，泽毛”（《灵枢·决气》），有输布精微之功；中焦“泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注于肺脉”（《灵枢·营卫生会》），有消化吸收和转输之用；下焦则“成糟粕而俱下人大肠，循下焦而渗入膀胱”（《灵枢·营卫生会》），有排泄粪便和尿液的作用。三焦运化水谷协助消化吸收的功能，是对脾胃、肝肾、心肺、大小肠等脏腑完成水谷消化吸收与排泄的功能的概括。
