标本理论在治疗上的应用，缓则治本：缓则治本的原则，一般适用于慢性疾病，或当病势向愈，正气已虚，邪尚未尽之际。如内伤病其来也渐，且脏腑之气血已衰，必待脏腑精气充足，人体正气才能逐渐恢复。因此，治宜缓图，不可速胜。故“治主以缓，治客以急”（《素问·标本病传论》）。
急则治标：急则治标的原则，一般适用于卒病且病情非常严重，或疾病在发展过程中，出现危及生命的某些症候时。如治暴病不宜缓，初病邪未深入，当急治以去其邪，邪去则正气不伤，病人易于恢复。故曰：“夫病痼疾，加以卒病，首当治其痼疾也”（《金匮要略》）。又如大失血病变，出血为标，出血之因为本，但其势危急，故常以止血治标为首务，待血止后再治出血之因以图本。此外，“先病而后生中满者治其标”，“小大不利，治其标”（《素问·标本病传论》）。先病为本，后病为标，诸病皆先治本，惟独中满和小大不利两证先治其标。因中满之病，其邪在胃。胃为五脏六腑之大源，胃病中满，则药物和水谷之气，俱不能运行，而脏腑皆失其养，其病情更急，故当先治其标。名曰治标实则是治疗脏腑的大本，亦为治本。而大小不利者，因二便不通，病情危急，虽为标病，必先治之。但须注意，小大不利当是急证的大小便不通，如“关格”之类。若为一般病情，可酌情处理，不一定先治。
必须指出，所谓“急则治其标，缓则治其本”，不能绝对化。急的时候也未尝不须治本，如亡阳虚脱时，急用回阳救逆的方法，就是治本；大出血之后，气随血脱时，急用独参汤益气固脱也是治本。不论标本，急者先治是一条根本原则。同时，缓的时候也不是不可治标，脾虚气滞病人，用理气药兼治其标更有别于单纯补脾。
标本同治：也就是标本兼顾。标本同治适用于标病和本病俱急之时。如痢疾患者，饮食不进是正气虚（本），下痢不止是邪气盛（标）。此时标本俱急，须以扶正药与清化湿热药同时并用，这就是标本同治。又如脾虚气滞病人，脾虚为本，气滞为标，既用人参、白术、茯苓、甘草等健脾益气以治本，又配伍木香、砂仁、陈皮等理气行滞以治标。标本兼治的原则，运用非常广泛，诸如补散并用之参苏饮，消补兼行之枳术丸，攻补兼施之增液承气汤等等。根据病情的需要，标本同治，不但并行不悖，更可相得益彰。
综上所述，一般来说，凡病势发展缓慢的，当从本治；发病急剧的，首先治标；标本俱急的，又当标本同治。总之，临床上必须以“动”的观点来处理疾病，善于抓住主要矛盾，借以确定治疗的先后缓急。故曰：“谨察间甚，以意调之。间者并行，甚则独行”（《素问·标本病传论》）。
