不搞玄学，以事实说话。程莘农在中医针灸临床时，强调要在中医经络理论等基础理论指导下进行辨证、立法、处方、选穴，强调理论结合实际，以事实为依据，对中医针灸、经络腧穴进行研究，不搞玄学。
在中医基础理论文献研究方面，“继承不泥古，创新不离宗”、“去伪弘真”是程莘农文献研究的一个鲜明出发点。比如，他在研究《内经》时，重点对《内经》运用针灸治病的情况，用统计学的方法进行了分析。结果显示。
《内经》中有针灸处方412个，这就证明了徐灵胎所说的：“‘灵素’两经为针法研者，十之七八，为方药研者，十之二三。”确实不谬。而在对《内经》中的这400多个针灸方子进行分析之后，发现以循经取穴的为数最多，其次是以痛为俞的处方、专病专方和对证专方，其余均不足10个。在循经取穴的处方中，由于经脉的循行、功能，经脉与相应脏腑的连属，以及经脉之间的阴阳表里等关系，故又有各种不同的取穴配伍形式。在循经取穴的处方中以取单经的为数最多，在取单经的处方中又以取本经的多。在取多经的处方中，以除表里经和同名经而外的两经或两经以上同用的为数最多。
再对《内经》所收的针灸处方进行进一步的研究，根据取穴配伍方法不同可分为两类，其中循经取穴的处方又有不同的取穴配伍形式，可见《内经》的针灸处方是灵活多变的。
在文献研究方面如是，在中医经络学研究方面，程莘农更是注重客观事实，以事实来证明经络的存在和经络的循行路线、腧穴的定位和主治作用。
早在上世纪60年代，程莘农即开始对经络展开研究，在对中医经典文献研究的基础上，开展临床经络敏感现象的研究。他在解放军262医院的协作下，完成的“体表循行81例研究”是我国早期经络研究的佳作之一。将测验的64例经络感传路线和《内经·经脉》篇对照，其循行路线基本和《内经》一致，专家将其研究报告论证后，得出了经络是客观存在的结论。
上世纪70年代，他开始主持循经感传的研究工作，证明了循经感传的体表循行路线与古典医籍记载基本一致，为经络的存在首次提供了结果明确的客观证明，引起国际学术界的极大震动，并为现代生物学理论提出了新的课题。上世纪80年代起，程莘农主持了由卫生部牵头的、全国几十所院校和单位参加的“循经感传和可见的经络现象”的研究。从人群普查、各种生物学指标研究以及现代物理学（如声、光、电、热、磁、核等）研究等方面进一步证明了经络的客观存在。
“八五”期间，经络研究又被国家科委列为国家重大基础科研攀登计划，程莘农被国家科委聘为首席科学家主持该项研究。
在腧穴研究方面，他积极参加世界卫生组织国际标准“针灸穴名”研究工作，对腧穴的名称、意义、部位无不一一考核。程莘农根据其研究成果与著名针灸学家杨甲三教授合作撰写出《经络、腧穴研究》、《十四经穴点穴法》，后者被拍摄成电影，于1985年由科技电影厂摄制发行，并获卫生部科技二等奖。
弘扬针灸，让针灸走向世界
20世纪90年代针灸在国际上影响力迅速提升，也是程莘农在国际舞台最活跃的10年。许多国外机构都聘请他。凡是对针灸发展有利的事，程莘农都尽力去做，心中只有一个信念——走出去，传扬针灸。
他奔走于国内外，或是讲学，或是考察，或是开会，或是应特别邀请出诊，他的足迹遍布美国、法国、英国、意大利、德国、日本、菲律宾等数十个国家。所到之处，便是他传扬针灸的舞台。
程莘农积极倡导和参与世界卫生组织的《针灸腧穴与部位》规范化工作，对腧穴的名称、意义、部位等一一考据，对循行次序穴名的排列以及部位的确定等，在不同的国际研讨会陈述己见，主张创新，反对异化。据程莘农回忆，有一次在日内瓦，有30多个国家的学者参与的一次会议中，争论激烈，程莘农对一个代表小视中国的言论给予了有力回击，最后赢得了多数代表的赞同。
大医精诚
改革开放之后，程莘农的临床工作更加繁重。每天6点就开始给病人看病，往往等到8点钟别的大夫正式上班的时间，他已经完成了几拨病人的治疗。那时候，他每个上午的门诊量就能达80多人次。程莘农在数十年的从医生涯中，诊治患者数十万人次，累积的病例单张摞起来与身高相齐。
程莘农以“大医精诚”为座右铭，毕生重视医德修养，认为“天下万事，莫不成于才，莫不统于德，无才故不得以成德，无德以统才，则才为跋扈之才，实足以败，断无可成。”他对病人态度和蔼，诊疗细心，一针一灸均亲自操作，全神贯注，心无旁骛，常能力起沉疴。
程莘农将自己宝贵的针灸学术经验，通过师徒传承、家族传承、院校传承、工作传承、培训班传承和国家指定学术传承等方式，毫不保留地传授给了数以千计的学生弟子们。以程莘农为代表的程氏针灸，在2010年成功入选北京市第三批非物质文化遗产保护项目。
程氏三才法，是程氏针灸的技术基础，在此基础上，程氏针灸的传人根据自己的个人兴趣不同，在程莘农指导下，分别在不同领域，使程氏针灸的诊疗技术得到了拓展，充实了程氏针灸的学术内涵，形成了“程氏消渴三调法”、“程氏养血润明法”、“程氏四关调神法”、“程氏四步调经法”、“程氏强体增视法”、“程氏五技祛痛法”等程氏特色诊疗手段和技术。
程莘农取得的成就，取得了业界同仁和政府部门的充分肯定，1994年程莘农成为中国针灸界的首位工程院院士，1998年被聘为中央文史馆馆员，2009年获得首批“国医大师”称号，2010年“中医针灸”成功申请世界非遗项目，程莘农是四个代表性传承人之一。
