半个多世纪以来特别是近二十年来，我国中西医结合的蓬勃开展极大丰富了临床治疗学内容，取得了一大批重要的研究成果。更为重要的是，中西医结合的实践过程深刻地影响了人们的就医观念，运用中西医结合的方法治疗多种疾病已成为绝大多数患者的首选。
在肯定中西医结合成绩和贡献的同时，我们也应该清醒地看到，我国中西医结合仍有诸多困扰和难题需要我们用智慧、学识和经验去进行逐一化解。当前中西医结合临床研究的困扰与难题主要有以下三个方面。
专业队伍“一头偏”
中西医结合是中医和西医两种医学体系的结合，从专业队伍结构和人员组成而言，自然也应当由中学西人员组成的中医专业队伍和西学中人员组成的西医专业队伍去共同完成。但是，多年来，中西医临床研究专业人员和专业队伍组成存在严重的“一头偏”现象，是单向的，即中西医结合临床研究基本上是在中医和中西医结合机构内进行的，专业队伍也主要由中医从业者组成，鲜有西医人员主动学习中医并进行中西医结合临床研究者。这一现象产生的根源主要由于当前中医治疗的针对目标已经由传统的中医病证全面转换到乙型肝炎、糖尿病、高血压、冠心病等现代医学疾病，这种治疗目标的转换就要求中医专业人员在运用中医理论和方法治疗西医疾病时必须吸纳现代医学研究成果，也就是说必须有一个“中学西”的过程，这是必然的，也是普遍的。从这种意义上说，当前几乎每一位中医临床工作者其实都是中西医结合专业队伍中的一员，中西医结合的任务也就主要由他们承担起来。
由于与现代医学相比，中医教学、科研、医疗机构数量少，规模小，使中西医专业队伍形成严重的不对等态势。虽然中医学术界也不乏学养深厚、识见广博、经验丰富、学贯中西的睿智之士，但由于总体人数偏少，难以形成与西医对等的学术群体，因此，他们的声音是微弱的，很难有效地影响中西医结合的宏观走势。
专业队伍“一头偏”现象使中西医结合临床研究局限在一定的范围和领域之内，在研究的广度和深度方面都受到很大限制。更为重要的是学习了西医的中医人与学习了中医的西医人，由于二者教育背景不同，在学术视野、思维方式等方面都有很大差别，而正是这种有着巨大差别的中西医学者之间的学术交融与对接，才有可能碰撞出中西医结合临床研究的科学火花，也只有在中西医互以全新的视角审视对方时才会有新的发现，而专业队伍一头偏现象使中西医失去了对等的学术沟通与衔接，从而在某种程度上窒息了学术研究的活跃与灵动，滞缓了中西医结合临床研究的科学步伐。
这一现象不禁使我们想起上世纪五十年代，毛泽东主席在发出“中西医结合”号召时指出：“我看如能在 1958年每个省市、自治区各办一个70～80人的西医离职学习班，以两年为期，则在1960年冬或1961年春，我们就有大约2000名这样的中西医结合的高级医生，其中可能出几个高明的理论家。”据统计，1960年全国有西医离职学习中医班37个，学员2300人，还有在职学习中医的3.6万人，这些人日后大多成为我国各专业中西医结合的技术骨干和学科带头人，在他们各自的研究领域都取得了一大批重要的科研成果，有力地证明了毛泽东主席伟大的科学预见性。正是这一强有力的行政措施助推了中西医结合这一科学工程的实施与发展，反观当前中西医结合临床研究所缺少的也正是这样一支西学中的专业队伍。
理论支撑点未建立
从专业学术研究的角度而言，中西医结合不是中医方法和西医方法或药物的简单相加，是需要有坚实的理论支撑的，理论是临床实践的指导，实现中西医理论的有机互融就成为中西医结合临床研究的主要目标和关键所在。而完整的中西医结合的理论体系是由众多的中西医理论互融点组成的，如中西医对人体生理学认识的一致性或相近性；中西医对疾病主要病因的对应性；发病学规律的趋同性；中西医诊疗在方法学上的互补性；中医病证与西医疾病的相关性和背离性等最基本的理论问题，只有将这些基本理论问题认识清楚、阐述透彻，才能为中西医结合临床研究建立起强有力的理论支撑，也才能有效地指导临床。离开了正确的理论指导，一切所谓的结合，都将成为无源之水，许多临床实践问题自然也都难以得到真正解决。惜目前因缺乏对中医理论的深层次挖掘和系统的中西医对比研究，许多疾病的中西医结合理论支撑点至今尚未建立，一些基本的理论问题也还没有得到很好的解决。这一状况使中西医结合的学术研究缺乏系统性与完整性，是零散的，各专业各病种之间在研究的广度、深度及普遍性方面都存在着严重的不均衡现象，系统完整的中西医结合的理论体系也还没有形成，这对我国中西医结合学术发展的阻碍当然是巨大的。
实现中西医理论互融，目的不是要否认中西医两种医学理论体系的差异，而是更深入地探索和发现两者在生理、病理学等方面的广泛的内在联系，从理论与实践的不同角度进行反复印证，充分挖掘中医理论的科学内涵，在系统深入的中西医对比研究的基础上，进行中西医理论的沟通、衔接和交融，真正找到和建立起每一种疾病中西医结合的理论支撑点，从而使中西医结合临床研究的许多理论和实践问题得到根本解决。
临床切入点不明确
中西医结合临床研究作为一项复杂的实践过程，本应由中西医互融渗透、借鉴吸纳、优选重组等具体步骤来完成，最终形成针对某些疾病的中西医双诊双治的诊疗体系，在这一体系中既有西医病的诊断，又有中医证的分析。根据不同疾病及疾病的不同阶段、不同环节的治疗需要或以中为主、以西为辅，或以西为主、以中为辅，或中西并重；或先西后中、或先中后西，或中西同用，最大限度地发挥增效减毒、纠偏的作用，而主次先后及介入的时间节点均依中西医各自的作用定位和疗效特点及不同疾病的实际需要而定，而选准中西医结合的临床切入点就成为关键中的关键，但由于目前中西医各自所本有的局限与不足，使临床切入点的选择遇到巨大的理论和方法学瓶颈。主要如中医“证”的生物学本质至今尚未认知与阐明，中医药治疗某些疾病的具体疗程尚未确定，中药复方特别是水煎汤剂的量效关系尚不明确，药物与剂量调整尚无统一标准和指征等；而某些西医治疗的适应症限制、生物应答不全、病原微生物变异及耐药等问题也都远未解决，某些治疗的确切疗程亦未确定；西医对诸多生活方式病的治疗在方法学上所存在的局限性甚至治疗乏术等等。这些缺陷与不足在为中西医结合提供巨大空间的同时，也在理论与实践两个层面增加了中西医结合与沟通的难度，使临床切入点难以确定，使中西医结合诊疗带有很大的随意性，有时甚至是盲目的，这一现状不但使科学合理的临床路径难以建立，距循证医学的宗旨和要求更是差之甚远。
化解上述困扰与难题，消除中西医结合临床研究的理论障碍是我们每一位医学界同仁的神圣职责，我们要胸襟博大，目光高远，清醒地认识到中西医结合是两种医学体系并存所作出的必然选择；认识到中西医理论体系在科学本质上的趋同性和方法学上的互补性；认识到只有中西医两种科学元素的汇聚与交融才有可能催生出原创性研究成果，也才能使我国医学科学真正领先世界成为可能。
