《内经》首次提出温病病名，根据温病初起是否有里热见证，及病证特点是否符合时令病邪的致病特点，把温病分为新感温病与伏气温病两大类。
其中，伏气温病是指感邪后邪气伏藏，过时而发，病发于里的一类温病。历代医家多以伏邪来解释伏气温病，但有些医家对于是否存在伏邪问题存在质疑，伏邪是存在的，下面试从麻疹一病浅谈对伏邪的理解。
麻疹属于温病学中伏气温病范畴，从其发病症状即可判断，“初时发热，俨似伤寒，目出泪而不止，鼻流涕而不干。咳嗽太急，烦躁难安。以火照之，隐隐皮肤之下；以手抹之，亭亭肌肉之间。其形若疥，其色若丹。随出随没，乍隐乍现。”（《幼幼集成》）
对于伤寒与温病的区别，《伤寒论》已有明确的定义。第3条云：“太阳病，或已发热，或未发热，必恶寒，体痛，呕逆，脉阴阳俱紧者，名为伤寒。”第6条云：“太阳病，发热而渴，不恶寒者为温病。”麻疹并无恶寒表证，此乃邪气由里至外传变，故见发热、流泪、流涕、咳嗽等症。正如尤在泾所说：“是以伤寒之邪，自太阳递入三阴，温病之邪，自少阴传出三阳。”此为伤寒与温病之异也。
《小儿药证直诀》记载：“小儿在胎十月，食五脏血秽，生下则其毒当出。”《活幼心书》云：“疮疹之作，始自婴孩生时，啼声一出，则咽下口中秽浊，蓄之在胃，因气运变迁，主客胜复，邪气郁发，与元受秽浊激搏，而形于肌肉皮肤之外。初发有类伤寒，不拘四时，皆有此候。”
此处所提之疮疹，从其后文“轻者如麻，俗言麻子；重者如豆，谓之豆疮”来看，与麻疹异名而同类焉，仅症状之轻重异耳。或曰：“前文言温病之邪自少阴传出三阳，此言蓄之在胃，二者岂非矛盾乎？《小儿药证直诀》云其毒当出，此岂非无伏邪之证焉？”
胃为后天之本，主受纳腐熟水谷，邪气确实可以由口进入胃，但“六腑以通为用”，“胃宜降为和”，此言“蓄之在胃”，仅是言胃为邪气进入人体之通路，非为邪之所伏之处也，仅举一例即可明了：
人食水谷后，亦可称水谷蓄之在胃，必待胃之腐熟、脾之运化才可将精微敷布于全身，岂可言食物留于胃而不行？《素问·上古天真论》云：“肾者主水，受五脏六腑之精而藏之，故五脏盛，乃能泻。”
由此可知，胃中的秽浊之气可从水谷之道下流入肾，闭藏于其中。《小儿药证直诀》云：“小儿在胎十月，食五脏血秽，”此血秽禀受于母体，故可称之为胎毒。“生下则其毒当出”并非言发病，而是指五脏之血秽随胎儿出生而排出母体，形成所谓之恶露，正如《活幼心书》所讲，“婴孩生时，啼声一出，则咽下口中秽浊”。由此看来，麻疹的成因则是体内有伏邪，即胎毒，适逢非运之气，则发病。
正如《幼幼集成》所说：“麻虽胎毒，多带时行。气候寒温非令，男女传染而成。”若仅是非其时有其气，为何只有一部分人会发病，而其余人健康？正所谓“邪之所凑，其气必虚”，胎毒伏藏于人体，暗耗正气，久而久之，则素体亏虚。此为伏邪之一证也。
《温病条辨》云：“痘证为先天胎毒，由肝肾而脾胃而心肺，是矣。总未议及发于子午、卯酉之年，而他年罕发者何故。盖子午者，君火司天；卯酉者，君火在泉；人身之司君火者，少阴也。少阴有两脏，心与肾也。先天之毒藏于肾脏。肾者，坎也，有二阴以恋一阳，又以太阳寒水为腑，故不发也，必待君火之年，与人身君火之气相搏，激而后发也。”
吴鞠通所述即内有伏邪，外遇戾气而发病，此处具体提及何年易病，应用五运六气解释更具说服力，并可指导临床在此年份多加预防。《素问·六元正纪大论》篇对五运六气有详细的解释，其记载所发温病之年份，皆为君相二火加临之候，此为伏邪之二证也。
许多人质疑伏邪学说，主要在于两方面，一为伏邪伏于何处？二为既有邪气，为何不发病？如上文所说，胎毒即是伏邪，人身正气强盛时，邪不胜正，故而不发。
从另一方面来说，胎毒为婴儿在母体时所感受，禀受于父母先天之精，肾为先天之本，主藏五脏之精，其又有闭藏之职，不仅可以闭藏正气，还可以闭藏邪气，故胎毒藏于肾中不出，亦不发病。
若适逢非时令之气，正气与外界戾气抗争，肾中的元阴元阳为一身的根基，乃正气之化源，此时胎毒邪气亦随正气从肾中而出，两邪相合，正不胜邪，故发病。
前言外界戾气引动体内伏邪而发病，若自然界中无非时之气，即人并非感受戾气，亦可存在伏邪致病。如《素问·阴阳应象大论》所云：“冬伤于寒，春必病温。”
尤在泾在《医学读书记》中反驳王叔和与喻嘉言“寒毒藏于肌肤”的观点，并提出“惟少阴为阴，寒邪亦为阴，以阴遇阴，故得藏而不发”之说，肾为少阴之脏，与前文所述胎毒伏邪藏于肾中并不矛盾。
《素问·四气调神大论》云：“冬三月，此为闭藏，水冰地坼，无扰乎阳。”冬主闭藏，不但可以闭藏精气，还可闭藏邪气，若邪气伏于阴分，两阴相得，则可使邪气闭而不出。至春天，阳气始生，万物萌发，邪气亦顺应时气从少阴入于三阳，寒邪在少阴郁闭日久则化热，得春天阳气的资助，则热性更强，故不同于伤寒，而名之温病，由此则可以解释为何“冬伤于寒，春必病温”。
