鼻咽癌的病因不明，推测遗传因素和生活的传统习惯因素在鼻咽癌发生上可能起着重要作用。
遗传因素：根据细胞染色体及人类组织相容性抗原(HLA)等的研究，鼻咽癌的明显民族聚集现象，推想鼻咽癌可能是一种多基因遗传因素有关的疾病。
环境因素：环境因素也是诱发鼻咽癌的一种原因。饮食过多的咸鱼、腊味和腌制含亚硝胺类化合物的食品，这些食物有诱发鼻咽癌的作用。饮水中镍、铅含量高，而锌、铜和镉含量相对低。大米中镍含量高，而钼、铬、铅和镉含量低，这些微量元素的改变也可能与鼻咽癌的发生有关。在广东，调查发现鼻咽癌高发区的大米和水中的微量元素镍含量较低发区为高。在鼻咽癌患者的头发中，镍含量亦高。动物实验表明，镍能促进亚硝胺诱发鼻咽癌。
EB病毒：从鼻咽癌的组织中分离出带EB病毒的类淋巴母细胞株，找到了EB病毒颗粒。鼻咽癌体内存在EB病毒高滴度的抗体，病情严重者滴度高，随着病情恢复，抗体滴度下降，说明EB病毒与鼻咽癌关系密切。
鼻咽癌发病机制：致瘤因素引起鼻咽腔黏膜细胞的无限增殖、恶性变，并发生远处转移。
