经络不仅在人体生理功能上有重要作用，而且是临床上说明病理变化，指导辨证归经和针灸治疗的重要理论依据，故《灵枢·经脉》说：“经脉者，所以能决死生，处百病，调虚实，不可不通。”
说明病理变化，在正虚邪盛的情况下，经络又是病邪传注的途径。当体表受到病邪侵袭时，可通过经络由表及里，由浅入深。如外邪侵袭肌表，初见发热、恶寒、头痛身疼等症，由于肺合皮毛，外邪循经内舍于肺，继而可见咳嗽、喘促、胸闷、胸痛等肺的病症。
指导辨证归经，由于经络有一定的循行部位和脏腑络属，它可以反映所属脏腑的病证，因而在临床上，就可以根据疾病所出现的症状，结合经络循行的部位及所联系的脏腑，作为辨证归经的依据。例如，头痛一症，即可根据经脉在头部的循行分布而辨别，其痛在前额者多与阳明经有关，痛在两侧者多与少阳经有关，痛在颈项者多与太阳经有关，痛在巅顶者与厥阴经有关。
指导针灸治疗，针灸治病是通过刺灸腧穴，以疏通经气，恢复调节人体脏腑气血的功能，从而达到治病的目的。针灸选穴，一般是在明确辨证的基础上，除选用的局部腧穴外，通常以循经取穴为主，即某一经络或脏腑有病，便选用该经或该脏腑的所属经络或相应经脉的远部腧穴来治疗。《四总穴歌》所说：“肚腹三里留，腰背委中求，头项寻列缺，面口合谷收”，就是循经取穴的很好说明，临床应用非常广泛。
