沙眼早期症状不明显，故不易被人们注意，常常在体格检查时被发现。也有部分病人眼刺痒、干涩、见风流泪，晨起时眼角上有少量的分泌物，夜间工作或学习时，常感到眼睛疲劳不适，睁不开眼等。
较重的沙眼，会引起各种合并症及后遗症，严重影响视力，甚至造成失明。当沙眼衣原体侵入结膜上皮细胞层时，结膜上皮发生病变，表层细胞坏死脱落，深层细胞就大量增生并有血管新生，使结膜表面出现粗糙的微小凸起的乳头。有时淋巴细胞在结膜上皮下聚集成团，形成比乳头稍大的圆形隆起，呈珠光状小泡，称为滤泡。随着沙眼病情的进展，乳头、滤泡逐渐消失，结缔组织增生，睑结膜出现白色线状、网状、片状疤痕组织。
由于疤痕收缩，使睑板变成弓形弯曲，于是引起眼睑内翻、倒睫。眼睫毛磨擦刺激角膜，引起角膜疼痛，怕光、流泪、使角膜发炎。沙眼病变常侵犯透明的角膜，微小血管由角膜上缘侵入角膜内，在血管顶端有灰色浸润点，医学上叫角膜血管翳，严重时可形成溃疡，影响视力，甚至失明。沙眼病变也常破坏结膜的腺体和泪腺，使眼睛不能产生眼泪，引起角膜干燥而混浊。也常侵犯泪道粘膜，使泪道通畅，泪液淤带，发生慢性泪囊炎。
