元气属真气的下位概念，不应与真气混称。据元、原的本始之意，元气、原气为生命本始之气。在胚胎中已经形成，秘藏于肾中，与命门有密切联系，为先天之气。所以，元气是人体最根本，最原始，源于先天而根于肾的气，是人体生命活动的原动力，包括元阴、元阳之气。故曰：“元气是生来便有，此气渐长渐消，为一生盛衰之本”（《医学读书记·通一子杂论》）。因元气来源于先天，故又称先天之气。
生成与分布，生成：元气根于肾，其组成以肾所藏的精气为主，依赖于肾中精气所化生。“命门者……原气之所系也”（《难经·三十六难》）。“命门为元气之根”（《景岳全书·传忠录·命门余义》）。肾中精气，虽以先天之精为基础，又赖后天水谷精气的培育。所以李东垣说：“元气之充足，皆由脾胃之气无所伤，而后能滋养元气。若胃气之本弱，饮食自倍，则脾胃之气即伤，而元气亦不能充”（《脾胃论，脾胃虚实传变论》）。
总之，元气根源于肾，由先天之精所化生，并赖后天分布之精以充养而成。所谓“先天真一之气，自下而上，与后天胃气相接而出，而为人身之至宝”（《医原》）。但元气之盛衰，并非完全取决于先天禀赋，与脾胃运化水谷精气的功能密切相关。所以说：“人之自生至老，凡先天之有不足者，但得后天培养之力，则补天之功，亦可居其强半，此脾胃之气所关乎人生者不小”（《景岳全书·传忠录·命门余义》）。
分布：元气发于肾间（命门），通过三焦，沿经络系统和腠理间隙循行全身，内而五脏六腑，外而肌肤腠理，无处不到，以作用于机体各部分。“命门为元气之根，为水火之宅”（《景岳全书·传忠录·命门余义》）。“人身血肉之躯皆阴也，父母构精时，一点真阳，先身而生，藏于两肾之中，而一身之元气由之以生，故谓生气之原”（《医门法律·阴病论》）。可见，肾为元气之根。元气从肾发出，经三焦循经脉而行。
所以说：“三焦者，原气之别使也，主通行诸气，经历五脏六腑。……所止辄为原”（《难经·三十六难》）。三焦为元气循行的重要脏器。“三焦资始于肾间……下焦禀元气……上达至于中焦，主受五脏六腑精悍之气也，化而为营卫，营卫之气得真元之气相合，主通达乎上焦，始经历五脏六腑也……故以三焦所留止之处辄以为原”（《图注难经》）。说明元气是并营卫之气循环往复于十二经脉之中，且循任督二脉环流不休。冲脉、带脉、维脉、挢脉等八条奇经虽不参加元气的循行，但对全身之气的分布有调节作用。元气除并营卫之气行于十二经脉和奇经八脉之外，运行于本经经别之中。
总之，元气始于肾间，经下、中、上三焦，由手太阴肺经进入十二正经中，布于周身，蓄于奇经，溢三百六十五穴，然后再经腠理和大小络脉汇聚于四肢末端的井穴，入本经至经别，直接深入脏腑，继而浅出头颈部经穴、胸腹募穴和背部俞穴，自奇经总集于任督二脉，下归肾脏。
元气在循行过程中，经过了人体的各脏腑、经络及体表组织。元气循此路径，周而复始地循环，以发挥其正常的生理功能。主要功能：元气是构成人体和维持人体生命活动的本始物质，有推动人体的生长和发育，温煦和激发脏腑、经络等组织器官生理功能的作用，为人体生命活动的原动力。
元气是构成人体的本原。“气者，人之根本也”（《难经·三十六难》）。元气为其生身之精气，人之始生，以母为基，以父为盾。“所以发生吾身者，即真阳之气也”，“所以成立吾身者，即真阴之气也”（《类经附翼’求正录》）。故人之所生，全赖此气。元气的存亡，即生命的存亡，“此中一线未绝，则生气一线未亡”（《医学源流论·元气存亡论》）。
元气能推动人体的生长发育。机体生、长、壮、老、已的自然规律，与元气的盛衰密切相关。人从幼年开始，肾气与肾精逐渐充盛，则有齿更发长等生理现象。到了青壮年，肾气、肾精进一步充盈，乃至达到极点，机体也因之发育到壮盛期，则真牙生，体壮实，筋骨强健。待到老年，肾气、肾精衰退，形体也逐渐衰老，全身筋骨运动不灵活，齿摇发脱，呈现出老态龙钟之象。由此可见，肾气、肾精决定着机体的生长发育，为人体生长发育之根本。如果元气亏少，影响到人体的生长发育，会出现生长发育障碍，如发育迟缓、筋骨痿软等；成年则现未老先衰，齿摇发落。
元气能温煦和激发脏腑、经络等组织器官的生理活动。命门为元气之根，水火之宅，五脏之阴气非此不能滋，五脏之阳气非此不能发。故“心得命门而神明有主，始可以应物；肝得命门而能决断；胃得命门而能受纳；脾得命门而能转输；肺得命门而能治节；大肠得命门而能传导；小肠得命门而能布化；肾得命门而体强；三焦得命门而决断；膀胱得命门而收藏”（《石室秘录》）。反之，“肾无此则无以作强，伎巧不出矣；膀胱无此，则三焦之气不化，而水道不行矣；脾胃无此，则不能腐熟水谷，而五味不出矣；肝胆无此，则将军无决断，而谋虑不出矣；大小肠无此，则变化不行，而二便闭矣；心无此，则神明昏，而万事不能应矣”（《医贯》）。所以，元气者性命系之。元气充足，则精神昌盛。若元气微虚，则神微去；若元气衰竭，则神去机息。元气虚损之治重在治肾，“务使阴阳和平，水升火降，归于中庸之道而已”（《医权初编》）。
