十二经别辅助了十二经脉对内脏和体表的联系，体现了手足三阴三阳在表里关系上的“离、合、出、人”和相互灌注，同十二正经、十五络脉、奇经八脉等，构成了运行气血循环体系。因为每一经脉均有其自己的经别，所以某一经腧穴主治的范围并不仅仅局限在经脉的循行部位上，这也就具体地说明了经别的作用。
十二经别在《内经》中均无病候的记载。但经别对部分腧穴主治性能有很大的影响，各经经穴所能主治的症候，其发病部位有一些并非经脉所能达到，而是经别到达之处，取该经腧穴进行治疗，往往能获得显著的疗效。如足太阳膀胱经的承山、承筋、合阳等穴，都能治疗痔疾，但是膀胱经的循行通路并不到达肛门，而经别的循行则是“下尻五寸，别人于肛”。
