砂仁味辛，性温，属理气药。主要有行气调中，醒脾开胃，助消化的作用。并能引气归肾，兼有温肾，化湿的作用。对因气滞及脾胃湿冷而引致的脘腹胀满、痰湿积滞，呕吐，泄泻、腹痛、消化不好等症，可用砂仁行气散寒、化湿和胃，助消化。常配合枳实、白术，木香，半夏，陈皮，茯苓、藿香、焦神曲等同用。
对因脾胃虚寒而致的泄泻(腹部冷痛，喜按喜暖、口不渴、大便清稀)，可用砂仁温脾，敞寒，燥湿。常配合党参，白术，木香，炮姜、茯苓等同用。对因脾胃虚寒而引致的冷痢(腹中冷痛、里急后重，大便带有白色粘冻、遇寒加重)，也可用本品暖脾、行气，化湿。常配合木香、草蔻、吴萸，槟榔，当归，土炒白芍等同用。因砂仁可以行气，使大便通畅不滞，故也有时用于湿热痢的大便不爽，但须配合黄连，黄芩、马齿苋、白头翁等寒性药同用以监制其温性。对因妊娠而胃气上逆、胸闷呕吐等导致的胎动不安。可用砂仁配合苏叶、藿香、黄芩，白术，木香，当归等同用，可以安胎和中。
重用熟地等质地滋腻的补药时，配用一些砂仁，可免除滋补药妨害消化、减低食欲的副作用。前人有“砂拌熟地”(用砂仁拌粘熟地黄上)的用法。既免除了熟地滋腻害胃之弊，又可引熟地归肾，可谓一举两得。
蔻仁与砂仁均有行气调中的作用，但蔻仁和胃止呕的作用胜于砂仁，砂仁暖胃燥湿的作用胜于蔻仁。
肉桂与砂仁均能入肾。引火归元(肾)时用肉桂，引气归元(肾)时用砂仁。
砂壳(砂仁的外壳)也有理气醒胃的作用，但缺乏砂仁温中敝寒的效力。砂壳气味薄、燥性小，肝旺胃弱者用之合宜。
据近代药理研究，砂仁有芳香健胃作用，可促进胃的机能，促进消化液的分泌，并可排除消化管内的积气。用量一般为五分至一钱半。特殊需要时可用至二、三钱。入煎剂时，宜打碎后下，久煎可减小药效。砂壳体轻，一般用三，五分或七、八分。
砂仁有芳香温燥之性，阴虚有实热者慎用。
