牡蛎味咸，性寒，属补益药范畴。生用有养阴潜阳、清热解渴，软坚散结的作用，煅用有缩小便，止带下的作用。因阴虚阳亢而致的烦躁，失眠，盗汗等症，可用牡蛎养阴潜阳。常配合生龙骨，生地，白芍、黄芩，香附，远志，夜交藤等同用。
生牡蛎有养阴清热解渴除烦的效能。对于因阴虚所致的夜间口渴，虚热烦躁等症，可以本品配合元参、生地、花粉，白芍、石斛等同用。
牡蛎有化痰散结的作用。例如用生牡蛎、元参、川贝母，为末，蜜丸，每服三钱，日服二次。可用于消散瘰疬，痰核（颈淋巴结核，甲状腺瘤、颈淋巴肉芽肿等）。
牡蛎对腹中症癖、疟母等（肝，脾肿大，腹中肿物等）肿块，有软坚散结，消化肿块的作用。常用生牡蛎配合别甲，红花、桃仁、三棱，莪术、玉金、柴胡，神曲、山查核、白术等同用，或作丸剂久用。
牡蛎煅用则可加强收敛固涩的作用。常用于白带、崩漏。遗精、遗尿等症。可配合白术、苍术，山萸，山药、莲子心、桑螵蛸，益智仁、覆盆子等同用。
牡蛎含有钙质，与苍术等配合，可用于小儿钙质缺乏的佝偻病等。
海蛤粉咸而化废，偏用于治咳嗽，痰粘稠不易喀出者。牡蛎咸而化痰，偏用于软坚散结，治瘰疬，痰核，散症瘕。用量一般为三钱至一两。煅牡蛎用量要小些。
