回医学是以人天浑同与有机整体思想为主导；以元气一无论与阴阳七行学说为基础；以动态和谐与过程论的观念，探索人的生命活动中身体和心性健康的整体规律，及其与疾病失序的关系；以辨质为主。结合辨证、辨病、辨经，论证养生、预防、治疗、康复为特点的一门综合性实用学科。
回族先贤认为，在自然形成的过程中，若金气胜，金气流行，山得之为玉石；水得之为蚌珠；土得之为五金之矿；草木得之为草木之情；一切万物得之，而各成其坚明定固也。
回族先贤不但对大自然的形成有较系统的认识，而且对人的形成过程也有较系统的理论。回族先贤认为：“人不能先天地而自立，天地万物亦不能无人而自有，万物为人之护卫，人为万物之枢机”。也就是说人类的进化和大自然的形成是同步的。
回医学理论的病因学、病理学、病机学、脏象学等，仅从现有的历史资料中难以释全，但从《回回药方》残卷中所提及的关于人体医学、病理病机学、病变部位来看，盛于元代的中国回族医学是有完整的理论体系，其特点主要是：回医学将古希腊的“四体液”学说改造为“黑、红、黄、白”四液，并将其纳入元气，四象理论中加以运用。此外又将“冷热干湿”说改造为“温际、冷际、湿际、热际”说，并与四元配合作为病因病理学的组成部分，这也说明了回医学是东西方医药文化高度结合的产物。
