不典型的生殖器疱疹又称亚临床型，有报道可占感染者的50％－70％，较难识别，有时仅表现为包皮、龟头、大小阴唇上的细微裂口、表浅糜烂，甚至是局限性红癍，除皮疹不典型外，部位也不典型，如有的在肛门周围、臀部骶尾部、会、甚至下腹部。由于症状或部位的不典型易被忽略，耽搁了就诊时间也成为该病的主要传染源。
临床上，典型的生殖器疱疹易识别，部位多发生在男性的包皮、龟头上或女性的大小阴唇、阴蒂上，表现为群聚或散在的小水疱，周围稍红，约经2－4天疱破、糜烂、结枷，一般自觉症状不明显或微痛，7－10日左右可愈，但极易复发，故称复发性生殖器疱疹。
典型的生殖器疱疹，根据不洁性交史、外生殖器上成群小水疱、易于复发的特点诊断并不难，而某些不典型的病人则要进行实验室检查，如细胞学检查、病毒培养、抗原检测、特异性抗体检测、PCR法检测等，以便进一步确诊，及时治疗。
