在龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊、大腿和臂部等处。大多数男病人双侧腹股沟淋巴结肿大。生殖器疱疹临床表现中可分为原发和复发两种，原发指首次感染病毒，一般从接触到发病约2～10天，也就是潜伏期，患病部位现有烧灼感，很快在红斑基础上发生3～10个成群的红色丘疹，伴有瘙痒，丘疹很快变成小水疱，3～5天后变为脓包，破溃后形成大片的糜烂和溃疡，自觉疼痛，最后结痂愈合。
整个病程可持续20天左右。在男性好发于龟头，冠状沟，尿道口，阴茎，阴囊，大腿和臂部等处。后期炎症波及尿道、膀胱时，可出现排尿困难、尿痛、尿频、严重者可发生尿潴留等现象。此外，还可能有其他症状同时出现，如发热、全身不适、头痛、颈项强直、脑膜炎和骶部神经系统功能不全。
