从鼻咽癌的流行特征来看，遗传因素在鼻咽癌的病因中起着重要作用，但鼻咽癌变涉及的遗传物质改变尚未得到充分证实。常见的在其他肿瘤中呈高频率改变的癌基因，在鼻咽癌癌组织中均没有可检测到的突变或仅仅呈很低的实变癫率。但细胞遗传学研究，如人白细胞抗原（HLA）连锁分析、染色体脆性部位和染色体畸变分析，已经发现了一些持久反复的染色体异常，提示了突变基因的存在。只有进一步寻找到鼻咽癌特异的癌基因，才能揭示鼻咽癌的遗传易感性的物质基础，并采取相应的干预措施，预防鼻咽癌的发生。
自OLD于1966年发现鼻咽癌患者的外周血中存在着特异性的EB病毒抗体以来，越来越多的实验证据证实，EB病毒和鼻咽癌呈密切相关。在所有病理类型的鼻咽癌组织中均发现了EB病毒的DNA，在异型增生组织和原位癌中也有，同时在多数标本中也查出具有转化活性的潜伏膜蛋白（LMP1）的表达。
在鼻咽癌患者的外周血中多种EB病毒的特异性抗体水平升高，且抗体水平随着病程的进展而变化。EB病毒在一些促癌物的作用下可诱发人胚鼻咽粘膜组织的未分化癌。但目前尚缺乏EB病毒致鼻咽癌的动物模型，也无法解释EB病毒在世界范围内感染相当普遍，而鼻咽癌则有非常局限的地理和人群分布的现象。因此，现在尚无足够的依据针对EB病毒感染而采取的一级预防措施。
