长期以来，中医学的发展一直伴随着中西医理论的冲突。这些冲突和差别既不在于学术方法、研究方法的不同，也不在于文化背景的不同，而是在于支持所有这些方法和观念的哲学世界观，在于东西方哲学对人体科学的认识论的不同。
中西医的理论冲突源于东西方哲学对人体认识的差别
“中医理论主要是以东方的哲学思想与丰富的临床实践为其理论源泉”。我国的一些哲学家或从文化的角度，或从中医的哲学方法学角度探讨着中医的成功及其原因。不约而同地认为《易经》是中医理论的哲学基础。
同样的问题是：现代医学的进步是否也依赖于西方某种哲学观念的支持？当人们褒奖中医神奇或批评中医不是科学的时候，是否意识到每个人都是在某种哲学观念指导下发表着自己的看法。
在一般系统论问世的今天，我们认识到中医的哲学观念，正是对于自然界和人体的系统观念的一种形象表述。如果说系统论的基本概念包括了三个要素：必要元素，相关关系和边界条件的话，那么，现代医学大体上只注重了必要元素的观察和研究，却忽略了元素之间的相关关系，似乎也缺乏考虑系统的边界条件。例如，以解剖和形态学为基础的现代临床医学，更注重病理解剖的研究。可以说，不同的哲学观念选择了各自的研究方法，形成了两种医学各自的特点，也产生了两种医学理论的一系列矛盾和冲突。
自从贝塔朗菲建立了一般系统论，就把人体看作开放的活系统，并极大地推动了生物哲学发展。在此基础上，中国的哲学家和生物哲学家们充分理解了并接受了中医理论，更明确了人体科学的系统哲学观念。正如钱学森早在1984年就明确指出的那样：今后医学的发展要更多地依靠中医。
必须依照系统科学的原则研究人体科学
在认识和研究人体科学时，应该把人体看作是自然界的一员。这样就可以从更大的系统认识人体的功能——解剖关系是以功能发展为主导的，并决定着解剖和形态的变化。中医理论的“天人合一”说就是这个道理。
相反，把解剖形态仅仅看作是个体功能载体的看法，是隔断了人与环境的关系，把人看作孤立的个体，片面强调解剖和形态作用的结果。这样的认识对于临床的直接作用是强调了病理解剖的诊断证据，建立了庞大的形态医学；忽略了疾病早期的功能医学，把潜在而缓慢的疾病发病过程看作正常的生理状态。如果拥有了病理解剖的变化，就可诊断确凿，却难以治愈，更谈不上早期预防了。如现代医学在心血管疾病的诊治上好像更善于抢救治疗，不善于预防，也不谈根治，其原因就在于此。现实中，医生要求患者“终生服药”正是基于这样的学术和理论基础的结果。
中医的理论原则是解决医学难题的钥匙
这样看来，系统理论所强调的参与生物现象的所有相关元素及其相关关系在形成各种生物行为、各种疾病时都起作用，保持元素之间的作用关系就是保持各种功能关系。如代谢性疾病不同于微生物感染性疾病，主要体现于肌体内各种生理功能关系的失调。要想解决医学难题，看来一定要尊重各元素间的相互作用，应用系统方法开展医学研究，最终形成系统医学。
近年来，中国的医生们已用系统论的思想解释中医理论的文章和专著。如山东中医药大学的祝世讷教授所撰写的《系统医学新视野》正是这样有代表性的专著。只是这样的论著还没有涉及更多的临床实际问题。能够解决实际难题将是对于系统医学的严峻考验。
系统科学已经给出了一系列的解决复杂性难题的原则和方法。但是如何解决具体的医学难题尚无可直接利用的方法，中医理论的各种基本原则对此提供了重要参考。这里仅就中医的整体观念，也是系统哲学的重要原则，结合对心脏舒张功能的研究，做一简单讨论：
目前的理论认为：舒张期二尖瓣血流速度的E峰小于A峰时，就可以定义为心脏的舒张功能减低。笔者认为，舒张功能是为收缩功能服务的，通过心脏收缩完成射血功能，间接体现舒张功能。当收缩功能出现减低时，同样可以形成流速的E峰小于A峰。上述定义就把收缩功能的减低误诊为舒张功能的减低。在此基础上推导出的舒张功能性心衰也是不存在的虚幻概念。这是因为孤立地研究舒张功能的结果，超出了收缩功能对舒张功能所限定的边界条件的约束所形成的错误概念。
不能否认，割裂性思维使得生物个体的整体性被割裂开为越分越细的狭小范围，使所有的医生和医学研究人员都处于彼此不了解更多相关内容的学术领域，越来越远离了生物真实的整体特质和整体性能。而这些整体特性常常是它们的各个局部功能在密切配合条件下所产生的整体突变性质。如同砖瓦不具有大楼的性质一样，仅仅研究病理解剖不能充分了解功能的变化，就不会知道心衰的由来；就不会认识心源性猝死的病原；仅仅依靠动物实验就不会了解人体的精神和心理因素对于疾病形成的作用；仅仅依靠统计学研究临床医学可能会失掉许多必然的生物体内的必然联系。
系统科学的一个重要命题是“整体大于部分之和”。是说生物整体将拥有各局部都不拥有的特性，所以，任何时候不要忘记对于人体的整体性研究。即使把所有相关器官，系统的病理变化都透彻了解了，许多的结果机械地相加，并不能汇总出生物整体的行为特点，更不能透彻了解疑难问题的本质。这些告诉我们不能期望拥有了对于各种疾病进行孤立性研究的结果就可以充分认识疾病的来龙去脉，也不可能解决这些难题。所有这些疾病都是复杂的综合症，是许多必然元素相互作用的结果。
所有的这些疾病都是发生在人体的有限高度和有限体重的范围以内的，发生在有限的边界范围内的病理过程。那么正确认识和解决这些难题就不能无视所有的内在关系和边界条件。系统医学将会克服割裂思维的弊病，并为解决这些难题做出贡献。
中西医相结合是必由之路
解决医学难题是中西医面临的共同任务，有效解决难题的方法必须符合于被研究对象的特征。系统论证是为了解决这些难题而建立的，中医理论几乎是现代系统科学的活样板。有趣的是，笔者在现有的国内外医学资料中并未发现不同意把人体看作开放的系统结构的意见。尽管系统论理论没有提供解决医学难题的方法，但是，中医理论（包括其整体观念在内的绝大多数原则）完全可能成为解决医学难题的重要参考。这正是中医理论最重要的意义所在：不遗漏、不歪曲任何相关元素和必然的作用关系，努力在整体的范围内充分把握疾病的变化规律。
