中医和西医的差别，其根本在于基于不同的物质观：西医注重结构与成分；中医则注重功能和作用。不论是对于人体还是对于药物，都是如此。
河图是中医的源头。河图所揭示的是大气以中气为“枢轴”进行阳气由右向左升、阴气由左向右降而进行“圆运动”的规律。大气在西方人眼里分成氧、氢、氮、碳等四种；但中国古人不考虑它的具体成分，而只注重它的功能和作用，即氧上升、氢上浮、氮下降、碳下沉，并从升降区分出清浊（清则浮、升，浊则沉、降），引申出阴阳（升则为阳，降则为阴）。分出清浊，则有介于其间的中气。中气就是氧、氢、氮、碳中和之气，乃是阴阳升降的枢轴。枢轴运动，清气左旋，升而化火，半升则为木；浊气右转，降而化水，半降则为金；中气则化为土。这就是所谓五行。然而，五行并不是指这五种物质本身，而仅仅着眼于它们的功能和作用：木气具有疏泄作用；火气具有温暖作用；土气具有运化作用；金气具有收敛作用；水气具有封藏作用。同时将它们作为一种代表符号，概括既相互助长又相互制约的五个方面或者五种作用或属性。这样一来，就对五行赋予了哲学意义，凡是具有此种功能或作用的事物都可纳入五行的范畴。
西医注重结构与成分，所以将人体解剖学作为理论基础。中医注重功能和作用，则对照上述五种作用，根据人体各个部分的功能和作用，将其纳入五行的范畴。因此，中医所谓人体结构并不是指实体而言，而是按照功能和作用构造的、以五脏为核心，靠思维去把握的结构模型。中医所说的五脏也不是指五脏本身，而是指包括五脏在内并与五脏相联系的、人体的五个子系统。
西医注重结构和成分，所以发展了分析方法，并由之创造、开发和发展了仪器诊断技术，通过若干指标值的高低、大小分析人体健康状况；通过相关指标值的异常变化确定疾病，并以使这些指标重新恢复正常值作为治疗目标；对于疾病的认识，则侧重于具体部位和局部症状。中医注重功能和作用，则运用整体思维把握人体功能状态。辨证论治就是中医区别于西医的突出特征。所谓“证”，就是整体功能状态。中医认为，人体以中气为枢轴，阳气由右向左升、阴气由左向右降，周而复始地进行圆运动，即处于正常生理状态；如果左不升或右不降，或升降过度，即处于病理状态；治病的关键就在于使圆运动重新得以恢复。
西医以人体解剖学为理论基础，通过死人研究活人，并以动物实验作为中介，既利用动物模拟人体局部症状，又通过动物实验考察药物效能，所以动物实验对于西医而言是不可或缺的。中医则不然。中医从病性和病位两个方面对疾病加以认识，病性分寒、热、湿、燥、火五种，病位以五脏六腑表示。中医对于中药只研究它的四气（寒、热、温、凉）、五味（酸、苦、甘、辛、咸）、归经和功能，而不研究它的具体成分。其中，四气与病性对应，五味与病位对应（酸入肝，苦入心，甘入脾，辛入肺，咸入肾）。然而，病性归根结底都可用阴阳加以表征。其中，寒即阳虚，热即阳盛，湿即阴盛，燥即阴虚阳盛，火即热盛。因此，中医对疾病和药物的认识都离不开阴阳五行，故阴阳五行学说是中医药的理论基础。
中医所谓的病，是指出现左不升或右不降，或升降过度，而使圆运动难以为继。而左不升即阳虚，右不降即阴虚，升降过度分别即阳盛和阴盛，所以，要使圆运动重新得以恢复，务必按照“不足者补之，太过者泻之”的原则进行调理。具体地讲，即阴虚和阳虚分别用滋阴药和助阳药补其不足；阴盛和阳盛分别用助阳药和滋阴药泻其有余。所有这些，都着眼于功能和作用，而与成分无涉。如果试图研究中药的具体成分，不仅很难做到，而且即使能做到也无济于事，因为这和中医对疾病的认识脱节，药物的具体成分无法与病性和病位建立对应关系，从而也就难以用于临床，何况数味甚至数十味药同锅煎熬，必将产生新的成分，甚至还会发生连锁反应，很可能是一个天文数字。
西医注重结构和成分，中医注重功能和作用，经过几千年积淀，各自形成独立的理论体系，很难在本体上相互融合，只能在应用上相互补充。试图按照西医的模式改造中医不但不可能奏效，反而会引致中医倒退，因而是极其错误的。
