近年来，陕西省中医医院以专科建设为引领，以中医特色为核心，3个国家临床重点专科、9个国家重点专病和11个省级重点专科（专病）已实现了疾病诊断有手段、疾病治疗有方法、优势病种有疗效、学术水平有地位的建设目标。
该院大力加强专科建设，对重点专科（专病）建设、发展给予设备及设施投入优先、人才引进与人才培养优先、职称晋升与聘任优先、外出学习与参加学术会议优先等政策；每年投入100万元，用于重点专科的临床进修、名师带徒、在职研究生教育等人才培养与学术梯队建设，选送了19名业务骨干进行在职博士研究生培养，7名业务骨干作为访问学者到中日友好医院、北京协和医院进行1年以上的业务研修；为重点专科购置350多万元的中医特色诊疗设备，组建了肾病科实验室、脑病偏瘫患者功能康复训练室并购置了相关设备。
