虫卵从宿主的粪便中排出，如粪便进入河水，虫卵便在水中孵化成毛蚴。毛蚴并不感染人，而要先钻进钉螺体内寄生，钉螺被称为中间宿主。一条毛蚴在钉螺体内可发育、繁殖成上万条尾蚴。尾蚴离开钉螺后在浅表的水面下活动，遇到人或哺乳动物的皮肤便钻人体内，进入血液，使人或动物感染血吸虫病。有尾蚴的水称为疫水。在我国的血吸虫病流行区，人、牛和不圈养的猪是主要的传染源。不论男女老少都容易感染血吸虫病。不经药物治疗，血吸虫病不可能自然痊愈，得过病后也不产生免疫力，治愈后的人如接触疫水，还可以再次得病。
血吸虫发育的不同阶段，尾蚴、童虫、成虫和虫卵均可对宿主引起不同的损害和复杂的免疫病理反应。由于各期致病因子的不同，宿主受累的组织、器官和机体反应性也有所不同，引起的病变和临床表现亦具有相应的特点和阶段性。根据病因的免疫病理学性质，有人主张将血吸虫病归入免疫性疾病范畴内。
日本血吸虫病流行于亚洲的中国、日本、菲律宾、印度尼西亚。不论何种性别、年龄和种族，人类对日本血吸虫皆有易感性。在多数流行区，年龄感染率通常在11～20岁升至高峰，以后下降。在传播途径的各个环节中，含有血吸虫虫卵的粪便污染水源、钉螺的存在以及群众接触疫水，是三个重要的环节。
