一般来说，刚栽培的野生蔬菜抗病能力强，但鱼腥草人工栽培后，其营养条件得以改善，植株生长旺盛，纤维减少，糖分增加，柔嫩多汁，抗病能力大大降低。目前已经发现鱼腥草有少量病虫危害。病害以白绢病、紫斑病为主，叶斑病、根瘤病也有发生，虫害主要是蛴螬。
1、白绢病 主要为害地下茎，病部初期呈褐色斑块，表面遍生白色绢丝状菌丝，逐渐软腐。后期病部表面及附近土壤中发生大量菌核，病株茎叶迅速凋萎，甚至全株死亡，防治措施主要是：注意排水，增施磷钾肥，加强管理，提高植株抗病力。及时挖除病株，并且每667平方米用五氯硝基苯0．5千克拌细土15千克撒在病穴内，进行土壤消毒。对轻病株每隔10天左右喷—次2．5％粉锈宁1000倍稀释液(共喷2～3次)，或用50％托布津600～800倍液灌根，或用50％退菌特250～300倍液浇灌土壤。
2、根瘤病 根尖开始发病，初生褐色不规则形小斑点，后变黑色，病斑逐渐扩大，最后根系腐败枯死，叶片卷缩。防治法：注意排水，烧毁病株，实行轮作。播种时，种茎用1：1：100的波尔多液浸泡10分钟或用20％石灰水浸泡l小时，进行消毒。发病初期，每667平方米用五氯硝基苯0．5千克拌细土15千克，撒在根部周围或用50％托布津l千克加水500千克灌根。
3、紫斑病 一般为害叶片，发病初期，病斑圆形、淡紫色、稍凹陷，潮湿时病斑上出现黑霉，并有明显的同心轮纹，以后小病斑连成不规则大斑，造成叶片十枯此亡。防治法：发病地进行秋季深耕，把表土翻人深层。不连作。仔细搜集病株加以烧毁。发病初期，喷洒1：1：160的波尔多液或70％代森锰锌500倍液2～3次。
4、叶斑病 长中、后期经常大量发生，为害叶片。发病时，叶面出现不规则形或圆形病斑，边缘紫红色，中间灰白色，上生浅灰色霉。严重时，几个病斑融合在一起，病斑中心有时穿孔，叶片局部或全部枯死。防治法：实行轮作，最好水旱轮作。播种前，用50％多菌灵500倍液浸泡种茎24小时，进行消毒。发病时，用50％托布律800～1000倍液或70％代森锰锌400～600倍液喷雾。
另外，防治蛴螬、黄蚂蚁，可用90％敌百虫800～1000倍液灌根毒杀。
