中药材采收加工后，必须及时进行科学的包装、贮藏，才能保持其药效、质量和价值。否则，若包装贮藏不当，使其出现虫蛀、霉烂、变质、挥发和变味等现象，不仅失去药效，而且用后还会产生毒副作用。
1、含挥发油类药材的贮藏
如细辛、川芎、白芷、玫瑰花、玳玳花、佛手花、月季花、木香和牛膝等多含挥发油，气味浓郁芳香，色彩鲜艳，不宜长期暴露在空气中。因此，此类药材宜用双层无毒塑膜袋包装。袋中放少理石灰明矾、干燥的锯木屑、谷壳等物。扎紧后贮藏于干燥、通风、避光处。
2、果实、种子类药材的贮藏
如郁李仁、薏苡仁、柏子仁、杏仁、芡实、巴豆、木鳖子和莲子肉等药材多含淀粉、脂肪、糖类和蛋白质等成份。若遇高温则其油易外渗，使药材表面出现油斑污点，引起变质、酸败和变味。因此，此类药材不宜贮藏在高温场所，更不宜用火烘烤，应放在陶瓷缸、坛、玻璃缸、瓶内或金属桶等容器内，贮藏于阴凉、干燥、避光处，可防虫蛀和霉烂变质。
3、淀粉类药材的贮藏
如明党参、北沙参、何首乌、大黄、山药（淮山）、葛根、泽泻和贝母等多含淀粉、蛋白质、氨基酸等多种成分。因此，宜用双层无毒塑膜袋包装扎紧后放在装有生石灰或明矾、干燥锯木屑、谷壳等物的容器内贮藏，可防虫蛀、回潮、变质和霉烂。
4、含糖类药材的贮藏
如白芨、知母、枸杞子、玉竹、黄精、何首乌、地黄、天冬、党参和玄参等含糖类较高的药材，易吸潮而糖化发粘，且不易干燥，致使霉烂变质。因此，这类药材首先应充分干燥，然后装入又层无毒的塑料袋内包好所紧，放在干燥、通风而又密封的陶瓷缸、坛、罐内，再放些生石灰或明矾、干燥且新鲜的锯木屑、谷壳等物覆盖防潮。
