1、把好水分关。含油类多的药种水分应控制在8-9％，一般的药种水分应控制在12-13％。如果数量多，可分期分批进行晾晒，每隔一段时间翻动一次，待种子含水量降到安全线以下后再装缸入库。
2、把好纯度关。药材良种要单收、单打、单晒、单独贮存，确保净度达到99％以上。贮存时应贴上标签，标明种子名称、重量、纯度、入库时间等。要一个容器盛放一个品种。
3、把好存放关。药种入库前，要将库内杂物清理干净，然后用10％石灰水消毒，用农药杀灭害虫和老鼠。药种存放要远离火炉，不能存放在厨房里，以免烟气熏蒸。药种要放入麻袋、编织袋、布袋内，不可用塑料袋包装贮存。不要将种子与碳酸铵、尿素等氨态氮肥及农药混存一室。
4、把好温度关。药种不宜曝晒，同时切忌在水泥地面和铁板上晒种，要在傍晚降温后再入库。贮存药种的温度最好保持在20℃以下。散装种子应在种子中间插放通风草把。库内要留出30％的空间，以利通风换气。室外存放的种子，受冻后不要再转到暖室内，暖室内的种子也不要突然移到室外。
5、把好湿度关。药种应存放在干燥通风处，切忌放在封闭、潮湿的仓库中，尤其是存放之前，要在地面上用砖头或者木头垫高50厘米以上，再将盛药种的容器依次放上，不能把种袋直接堆放在地面上，并要远离墙壁30厘米。室外存放的种子，不要让雨淋湿，以免发生霉烂。此外，在贮藏过程中应经常晾晒，适时通风换气。
6、把好管理关。贮存期间要定时检查，检查的重点是温度和湿度。入库初期，每周检查一次，中期每10天检查一次，后期每20天检查一次。发现种子吸潮或温度过高时，要及时通风降温散湿，如通风仍不能解决问题时，就必须出库晾晒至达到安全含水量标准时再入库。发现害虫应立即采取有效防治措施。
