良种是生产优良中药材的物质基础，在整个中药材产业中具有举足轻重的地位，也是当前中药材产业全面发展面临的一大重要课题。中药材良种选育除了和普通农作物一样观察产量、抗逆性等，还必须坚持对整个生育期各个生长发育阶段以药用成分为指标的质量监控。良种选育的方法很多、应用也十分灵活，但归纳起来最基本的方法有单株选育和混合选育法两种。
单株选育法：在原始群体中选择优良个体分别收获、保存，再分别拨中成株行，进行鉴定比较，淘汰不符合要求的株行，选择有两株行。此法由于将入选个体分别种成株行，以其后以表现为鉴定、比较和选择的依据，误选的不良单株后裔可以最大限度的剔出，因而选择的效果好且最为常用。单株选育勿应于自花授粉，常异花授粉药用植物，也可用于无性繁殖药材，将选到的优良单株，用营养繁殖的方式保留和巩固。
混合选择法：从品种群体中按一定的经济性状和特性（如成熟期、株高、产量、质量性状等），选出优良个体（单株），混合收获，一年混合播种，与原品种和标准品种进行比较。此法由于将入选的个体混合收获，混合拨中，因而不能进一步鉴定入选个体后代性状表现，这样便可能把优良条件表现好而遗传性状并不理想的个体误选。同时，在其后代进一步选择时，一些不良后代分散在整个地块中，难以全部被识别和剔出，因而降低了选育效果。混合选育简便易行，并能迅速从原有品种混杂群体中分离出性状优良的类型，同时可获得优良种子，以花授粉药用植物，用连续单株选育方法很难玉成稳定一致的优良品系，而用连续混合选育方法进行群体改良时，就可选育出相对一致，各方面性状有所提高的优良品种。
在中药材育种工作中，要根据药用植物种类，材料的变异和优良程度，与改良性状的遗传特点及育种任务等而灵活应用选育方法。除上述方法外，还可以用物理、化学或基因工程的方法培育中药材优良品种。但无论采用何种方法，都必须在中药材质量监控下进行。
