植物药的药用部位主要有根、茎、叶、花、果实、种子或全草。根、茎有的以其皮部入药。顾名思义，以根、根茎入药的如板蓝根(菘蓝或马蓝的根)、葛根、白茅根，但大黄、苍术、桔梗、半夏等也是以根部入药；以树皮或根皮入药的如杜仲、厚朴、黄柏、牡丹皮、地骨皮、苦楝根皮、合欢皮等；以叶入药的如大青叶、艾叶、枇杷叶、桑叶；以花入药的如菊花、槐花、旋复花、月季花、金银花等；以果实入药的如枳实、青皮、乌梅；以种子入药的如牵牛子、茴香。
中药的采集具有一定的季节性，正如俗话所云：当季是药，过季是草。因不同药用植物的根、茎、叶、花、果实、种子或全草都有一定的生长和成熟期，其中有效成分含量的高低，将随其不同入药部位和植物各部分的不同生长期而异，故采药时间应随着中药的品种和入药部位而有所不同。古人在这方面有不少的经验，陶弘景《本草经集注》说：凡采药时月……其根物以二月、八月采者，谓春初津液始萌，未冲枝叶，势力淳浓故也；至秋枝叶干枯，津液归流于下……。陈嘉谟说：实已熟，味纯；叶采新，力倍。(《本草蒙鉴》)中药采集的一般原则如下：
根和根茎：多在秋末春初采集。过早浆水不足，过晚则不易寻找，也不易采挖，如丹参、沙参、天南星等。春初在开冻到刚发芽时采挖较好，过晚则养分消耗，影响质量。
树皮：多在春夏之间采剥，如地骨皮、白鲜皮等。根皮以春秋采剥为好，这时容易剥下，且汁液充足。
叶：在叶片茂盛、颜色青绿时采摘，如荷叶、大青叶，但桑叶多在秋冬霜打后采集。
花：多在花朵将开未开时采集，这时气味俱浓，如金银花、款冬花等。有的在开花时采摘，如旋复花、菊花等。过早采花不饱满，气味不足；过晚则花瓣残落，气味消失。
全草：多在枝叶茂盛、花朵初开时采集。如益母草、鹅不食草、地丁草等。也有在花未开前采割，如薄荷、青蒿等。个别的如茵陈则采取幼苗。
现代研究证实，薄荷在其开花盛期采收者，挥发油含量最高，而传统的均在未开花前采割，可见中药的采集时间与其有效成分含量及其药理作用之间的关系有待深入研究。
同一植物不同部位有的功效相同，如以全草入药的中药；有的功效相仿或相近，如旋复花与旋复梗，皆能理气祛痰；也有的功效不同或截然相反，如麻黄与麻黄根。麻黄功能发汗解表、宣肺平喘、利水消肿，用于外感风寒表证，风寒外束、肺气壅遏的咳喘症，水肿兼有表证者，由于麻黄发汗力强，用量不宜过大，对表虚 自汗、阴虚盗汗者不适合使用，否则因为汗出过多，误伤人体的正气。麻黄根能收敛止汗，主要用于自汗、盗汗，有表邪者不宜使用麻黄根。
两者功效相反，不得误用。益母草与茺蔚子，益母草是妇科常用药，功善活血祛瘀，利水消肿，女子产后常服益母草膏，有利除恶露，使子宫的大小、功能回复正常。茺蔚子为益母草的果实，又名小胡麻、三角胡麻，活血化瘀、调理月经的作用与益母草相似，另外，它主要用于头眼病，如肝热头痛、目赤肿痛、目昏暗而有翳膜者。大腹皮与槟榔，大腹皮是槟榔的果皮，与槟榔相似，能利水消肿，治疗水肿，但槟榔擅长杀虫消积，常用来治疗肠道寄生虫，而大腹皮无杀虫作用，能理气宽中，用于湿阻气滞、脘腹胀满者。又如何首乌与夜交藤，何首乌功能补益精血、截疟、解毒、润肠通便，治疗肝肾亏虚而发白、疟疾、疔疮及精血不足而肠燥便秘。夜交藤为何首乌的藤，也名首乌藤，功能养心安神、祛风通络，可治失眠、多汗、血亏、肢体疼痛，两者在功用上也不相同。因此，使用植物药常常要分清部位。
