选育良种是药用植物栽培中的一项重要措施，多年来人们在长期的生产实践中培育出很多优良品种，例如地黄优良品种金状元、武涉1号、黑英比劣种产量提高1～3倍；北京1号、2号品种，在贫瘠土地栽培，同样可获得高产。薄荷品种海香1号，含薄荷脑量85％以上，江西1号品种含薄荷油2．64％-4.24％，比胜利薄荷含油量高1～4倍。红花、川红1号的产量比普通品种提高1倍等。此外，还选出来不少的优良类型如附子有南瓜叶和丝瓜叶型；人参有大马牙、二马牙、长脖和圆膀圆芦型；浙贝母有宽叶型、铁杆型；枸杞有江西1号、浙江2号等。这些优良类型之间的产量和有效成分的含量亦不同。
选种的目标应根据需要来确定，例如作为提取效成分为目的的，如金荞麦一叶萩、蛔蒿和洋地黄、颠茄等，应选择成分含量高的品种或类型。作为常用的重要药材，如根茎类的贝母、细辛、黄连、延胡、白术等，应选高产优质的品种；花类药材，如款冬花、金银花等，应选药用部位集中，便于机械化采收的品种。种子、果实类药材，如薏仁、砂仁、山茱萸、使君子、栀子应选果大粒重产量高的品种。生长周期长的药材，人参、三七、西洋参等，应选早熟品种。此外，更应重视选择抗逆性强的品种如抗病虫害、抗寒、抗涝等。选育品种的方法，通常采用杂交和连续的人工选择两种方法。
一、杂交分有性杂交和无性杂交，但经常采用的是有性杂交。
1、有性杂交 就是采用不同特性的亲本植物进行支配。杂交种子所产生的种子叫杂种，它具有较强的生活力、较优良的性状和容易变异等特征，从杂种中容易选择和培育出人们所需要的优质高产的新品种。
2、无性杂交 是将两个具有不同性状的亲本植物进行嫁接愈合而获得无性杂种。从无性杂种中亦可。选择和培育出优质高产的新品种。
二、连续的人工选择是选种工作一项最基本最重要的方法。
就是采用连续不断地从栽培植物的大田中或杂种后代的试验地里，选择具有优良性状的单株或群体，并用人工的方法加以定向培育，形成优质高产品种。目前药用植物栽培中，如地黄、薄荷等生产上所利用的品种，都是采用连续的人工选择方法培育出来的。
