人工栽培灵芝是将从灵芝子实体中分离出的菌丝直接接种到段木或其他人工培养基上，再进一步生长发育成子实体。
由于野生灵芝是生长在树木上的，因此有了人工原木栽培灵芝子实体的方法。由于砍伐原木破坏森林资源，故又发展出短段木和枝桠材代替原木的栽培方法，但此种栽培方法仍需大量木材。因此，又进一步发展了代料栽培，也叫袋栽法，即用一些植物和农作物的下脚料装在特制的塑料袋中，来代替原木、段木栽培灵芝子实体。
灵芝子实体的人工栽培主要分两个阶段：
第一阶段是选择优良菌种和扩大培养菌种，菌种的扩大培养是将少量菌种繁殖扩大到栽培子实体时所需的菌种数量。
第二阶段是子实体栽培，即将菌种接种到人工培养基上，在一定条件下进行培养，直至子实体生长发育、成熟并采收。
袋栽法是在聚乙烯或聚丙烯塑料袋中装入培养基，如玉米秸、棉籽壳、菌草（指一些可用于栽培灵芝或食用菌的草）、木屑、干蔗渣、麦麸、糖、石膏粉、碳酸钙等原料，经过高压或常压灭菌，再接种上灵芝菌种。灵芝菌种在培养基中萌发出菌丝，并长满培养基。在合适的温度、湿度、光照等条件下，会长出灵芝子实体。袋栽法可节省大量木材，有利于生态循环和环境保护，值得大力提倡。
原（段）木灵芝栽培法是将灵芝菌种接种在灭过菌的原木上，待灵芝菌丝体长满原木后，在合适的环境条件下，便可以长出灵芝子实体。原（段）木灵芝栽培法更接近灵芝的天然生长环境，生长时间要比袋栽灵芝生长时间长，所获得的灵芝子实体较大，比重较重，形状好看，其外观、质量较袋栽灵芝好。
无论袋栽灵芝或原（段）木栽培灵芝，在菌丝长满基质后，要将菌袋或原（段）木埋人地下，这样有助于保持温度，有利于灵芝子实体的生长。因此，所选择的埋土场地，其土质、水质的好坏，特别是农药和重金属残留是否超标都会影响灵芝子实体的质量。因为灵芝菌丝有富集重金属的能力，能将溶于水中的重金属离子吸收，从而造成灵芝子实体重金属含量超标。袋栽灵芝的培养基，如未严格检验，有时也会有一些对人体有害的物质，这些物质也会残留在灵芝子实体中对人体造成危害。
因此，要得到优质的灵芝首先要培育出优良的菌种，其次要选择合格的培养菌丝及栽培子实体的场地，要对栽培灵芝的小原木或袋料、水质、土质都进行严格检查，严格控制温度、湿度、光照等栽培条件。最好能严格按照有机栽培的要求栽培灵芝，这样才能获得优质的灵芝子实体。
有机栽培灵芝强调要遵循自然规律和生态学原理栽培灵芝，就是严格按照“有机栽培”的各项标准及“良好的农业规范”(Good Agriculture Practice，GAP)种植灵芝，其中最重要的是生产人员的培训，菌种的鉴守，人工培养基材料（如段木、代替段木的植物或农产品下脚料等）、栽培场地和栽培用水的重金属（铅、砷、汞等）及农药含量均应符合国家标准规定，在栽培过程中不使用化学合成的农业杀虫剂，严格控制生产过程的温度、湿度、氧气和二氧化碳的浓度和光照等条件，有明确的产品质量控制标准等。有机栽培灵芝的全过程均须通过国际或国内权威认证机构的有机认证。
