合欢枯萎病一旦发生，很难治愈，因此应把工作重点放在预防上，制定综合性的防控方案，防微杜渐。
首先要加强植物检疫，严禁调运带病苗木。从外地(包括区、县)调运苗木时，必须有当地检疫部门开具的检疫证书。
其次要确保适地适树、加强养管。合欢不耐水湿，要选在地势较高、排水良好的沙壤土中栽植。苗木种植前应对土球做消毒杀菌处理，栽植后要加强肥水管理，提高植株生长势，注意抗旱排涝。尽量少剪枝，剪枝后必须立即涂伤口保护剂。如果发现病株有超过1/3的枝干存在叶子发黄、干枯脱落时，应立即清除病株。
在群植合欢区域，一旦发现病株，应立即清除，以免传播病菌。枯枝、病株和枯死株清除后，要集中销毁，同时还应在树穴及周围相邻土壤浇灌40%福美砷50倍液、可杀得2000倍液，或者用30%恶霉灵500倍液处理土壤，进行杀菌消毒，防止病菌蔓延。在发病区域不再补植合欢，应更换其他树种。在对病株进行修剪作业时，每一单株使用过的剪刀、手锯、锄头等园林工具，必须立即消毒，可在福尔马林中浸泡10分钟，然后进行下一单株的操作，以免相互感染，扩大病区。
最后是科学的药剂防治。药剂防治是防控合欢枯萎病的重要一环，防控重点应放在近些年新移栽的合欢树上，针对不同情况采取相应的措施。
在未发病区域，对于生长健壮的苗木，暂不作药剂防治处理，对于那些生长势弱的苗木，应对树冠和树干部位作药剂预防处理。对发病区域的全部合欢苗木，均应作根部灌药和枝干喷药防治处理。枝干喷药可选择23%络氨铜水剂250～300倍液、25%敌力脱乳油800倍液、20%抗枯灵水剂400～600倍液等。为避免树木产生抗药性，各种药物应交替使用，每隔7～10天复喷1次，需连续喷2~4次。根部灌药建议用30%恶霉灵500倍液或可杀得2000倍液浇灌，在树冠投影区施用，每平方米浇2~4公斤药液，每10天浇1次，连续浇3~4次，亦应注意交替用药。灌根和枝干喷药均应在合欢叶芽萌动初期使用。
