根据病原，牡蛎的常见疾病，大致可分为病毒病、细菌病、真菌病等。最常见和危害最大的病毒性疾病是牡蛎面盘病毒，该病主要发生在太平洋牡蛎中，每年的3~6月幼牡蛎损失大于50%，波及牡蛎体的边膜及卵的孵化，使死亡率增高。感染面盘病毒的牡蛎缺乏活力，内脏团缩入瓣膜内，牡蛎细菌病中最常见的致病因子是弧菌，感染弧菌的牡蛎发生全身性组织溃疡，养殖水体中见幼体缺乏活力，下沉以至死亡。光镜观察表明，病体内有大量上述细菌，异常的面盘、溃疡甚而崩解的组织。真菌病的病原为海洋动物离壶菌，显微镜可见患体内有此菌丝。尤其稚贝染病后，即停止生长和活动。用中性红海水液也可区分出真菌和幼体，肉眼则可见死去的多数患病幼体。
