中药材在贮藏过程中，主要应避免虫蛀、发霉、变色、气味散失、枯朽、风化、融化粘连等变异现象。
一般造成药物变质的因素主要是：
温度：药材在温度方面都有一定的适应范围。温度过高过低都会使药材质量发生变化。当温度在35度以上时，含脂肪的药物就会因受热而使油质分离，从而少油;含挥发油多的药物也会因受热而使芳香气味散失;动植物胶类和部分树脂类药物，受热后又易于发软、粘连成块或融化。
温度在20～35度时，由于有利于虫害、霉菌等孽生繁殖，而使某些药物生虫、发霉以至变质。
湿度：湿度是指空气中水蒸气含量多少的程度，也就是空气潮湿的程度。药物本身能否保持正常的含水量，与空气的湿度有密切关系。一般药物的正常含水量约10~20%。如空气中水蒸气多，药物大量地吸收水分而使含水量增加(受潮)，就容易发生霉烂变质现象。
空气：空气含有多种成分，其中以氧气最容易与药物的某些成分发生化学变化，而影响其质量。通常所见到的丹皮、黄精等的颜色变深，就是因为它们所含的鞣质、油质及糖分等与空气中的氧气接触发生变化而形成的。
日光：日光对某些药材的色素和叶绿素有破坏作用，能使药材变色。所以红色和绿色的药材，不宜在阳光下久晒。
各类药材的保管养护工作的主要方法：
易生虫药材： 对易生虫的药材，在保管过程中除了要勤检查以外，还必须从杜绝害虫来源、控制其传播途径、消除繁殖条件等方面着手，才能有效地保证其不受虫害。因此，贮存这类药材，如党参、款冬花、薏苡仁、乌梢蛇等，首先要选择干燥通风的库房。库内地面潮湿的，应加强通风，并可在地面上铺放生石灰、炉灰、木炭等;架底垫木高到40cm以上，在垫木上最好销上木板芦席或油毡纸等以便隔潮。另外，对不同药材可以采取密封、冷藏、熏蒸、对抗等适当的养护措施，以保证药材不虫蛀。
易走油发霉药材： 药材走油发霉，直接影响药效，特别是发霉严重的，能完全失去疗效。药材发霉，是指在药材上寄生和繁殖了霉菌，称为“霉变”。对这类药材的保管，最忌闷热。如牛膝、天冬、白术等保管不善，都可产生走油或霉变，故应置于通风干燥处，严防潮湿。
易变色及散失气味药材 ： 部分花、叶、全草及果实种子类药材，由于所含的色素、叶绿素及挥发油等，受温度、湿度、空气、阳光等的影响，易失去原有的色泽和气味，如莲须、红花、丁香等。在贮存保管中应根据药材的不同性质以及具体条件，进行妥善养护。贮存场所要干燥阴凉，严格控制库的温、湿度。贮存时间不宜过长，并要做到先进先出。最好单独堆放，以免与其它有特殊气味的药材串味。
易融化、怕热药材： 易融化、怕热药材主要指熔点比较低，受热后容易粘连变形，或使结晶散发的那些药材，如阿胶、儿茶、樟脑等。对这类药材必须选择能经常保持干燥阴凉的库房，并将药材包装好或装容器里。
易潮解、风化药材： 含有盐类物质的结晶体药材，在潮湿的地方或空气中湿度大，都会受影响而逐渐融化。当开始融化时，一般称为“返潮”或潮解，如芒硝等。对这类药材应选择阴凉、避风和避光的库房，或在室内适宜的地方保管;包装物以能防潮不通风为宜。
需要特殊保管的药材： 对毒剧麻药、易燃性药材及贵重药类应根据各自的特殊性质和有关管理办法进行保管。
