蒙医用药很广泛，包括植物、动物、矿物及化学制品，但绝大部分还是取自野生植物。据文献记载，蒙药材约有2230多种。
经调查考证的蒙药材，属于植物种子、果实类的有203种；根及根茎类231种；全草类256种；枝叶类54种；花类83种；皮类35种；藤木类36种；菌藻类14种；树脂类14种；植物的其他类28种；昆虫类30种；动物类260种；矿石类98种。共计1342种。
中医用它的树皮治疗烫伤，蒙医则用其果实治疗心脏病；肉豆蔻，中医煨用于暖脾胃，涩汤，下气，蒙医用生肉豆蔻治疗心脏病，并用其假种皮“肉豆寇衣”（药名为玉果花），治疗风、气、白脉病。
